سیستین: این کریستال‌ها به صورت شش گوش، قابل انکسار و بی‌رنگ با زاویه‌های مساوی یا غیر‌مساوی، صاف دیده می‌شوند و در اسید استیک حل نمی‌شوند ولی در اسید کلریدریک یا محلول‌هایی با PH قلیایی محلولند و در استن و اتر و آب جوش غیرمحلول می‌باشند. بطور کلی حلالیت آن‌ها در محیط‌های قلیائی بیشتر است و به همین دلیل بندرت در ادرارهای قلیائی دیده می‌شوند. حضور آن‌ها در ادرار با اهمیت و در موارد سیستینوز مادرزادی و نیز سنگ‌های ادراری دیده می‌شوند.

مقدار بیلیروبین در ادرار می‌تواند آنقدر زیاد باشد که در شرایط دمای سرد (یخچال) رسوب کرده و بشکل کریستال درآیند. کریستال‌های بیلیروبین معمولا بصورت خوشه یا دسته‌های کوچک سوزنی شکل به قطر ۲۰ تا ۳۰ میکرون دیده می‌شوند. اما فرم‌های گرانولر و یا صفحه ای شکل نیز دیده می‌شود. این کریستال‌ها همیشه به رنگ زرد – قهوه‌ای هستند و حضور آن‌ها نشان دهنده‌ی مقادیر زیاد بیلیروبین در ادرار است. وجود این کریستال‌ها به‌وسیله‌ی آزمایش شیمیائی تائید می‌شود، به این معنی که کریستال‌های بیلیروبین هنگامی مشاهده می‌شوند که تست غربالگری شیمیائی برای بیلیروبین مثبت باشد. این کریستال‌ها فقط در ادرار اسیدی شکل می‌گیرند و موقع افزودن قلیا و یا اسیدهای قوی حل می‌شوند. بعنوان کریستال‌های آبنرمال درنظر گرفته می‌شوند زیرا بیلیروبینوری بیانگر یک فرآیند بیماری متابولیک است. با این‌حال از آنجا که این کریستال‌ها بعد از دفع از طریق ادرار و سرد شدن آن (هنگام نگهداری نمونه ادرار در آزمایشگاه) ایجاد می‌شوند اغلب اوقات مشاهده نشده و معمولا گزارش نمی‌شوند.

لوسین: کریستال‌های لوسین و تیروزین بندرت در رسوب ادرار دیده می‌شوند. به صورت کروی، زرد رنگ با ظاهری روغنی که دارای خطوط شعاعی و متحد المرکز می‌باشند دیده می‌شود و در محلول‌های قلیایی حل می‌شوند. این کریستال‌ها گاهی اوقات با سلول‌ها اشتباه می‌شوند به‌ طوری‌ که قسمت مرکزی آن شبیه هسته سلول به نظر می‌رسند. در آزمایش با نور پولاریزه کریستال‌ها منظره صلیب مانند نشان می‌دهند. در ضایعات کبدی نظیر سیروزکبدی، هپاتیت ویروسی، آتروفی زرد حاد کبد، برخی از بیماری‌های ارثی مانند بیماری شربت افرا، تیروزینوز و بیماری ادراری oasthouse دیده می‌شوند که بسیار نادر می‌باشند. در اکثر موارد در بیماری‌های سخت کبدی و اغلب در مراحل نهائی بیماری دیده می‌شوند، در چنین مواردی حضور همزمان کریستال‌های تیروزین و لوسین قابل توجه است.

تیروزین: به‌صورت دسته‌ای از کریستال‌های باریک و سوزنی با قدرت انکسار بالا و به شکل خوشه یا دسته‌ای دیده می‌شوند. 

در اسید استیک نامحلول و در هیدروکسیدآمونیوم و اسید هیدروکلریک محلول می‌باشند. در بیماری‌های شدید کبدی، تیروزینوز و در بیماری oasthouse دیده می‌شوند.

کلسترول: کریستال‌های کلسترول بصورت صفحات بزرگ، پهن، شفاف با گوشه‌های بریده می‌باشند. در کلروفرم، اتر و الکل گرم حل می‌شوند. علل: تجزیه بیش از حد بافتی، شیلوری.

به‌صورت صفحاتی به شکل متوازی الاضلاع، شفاف، نازک با گوشه‌های برش خورده دیده می‌شوند. شکل و اندازه متفاوتی دارند و اغلب لایه لایه هستند. در آزمایش با میکروسکوپ پولاریزان بیرنگ و دارای انکسار مضاعف ضعیفی هستند. عمدتا در ادرار اسیدی دیده می‌شوند و بدلیل ترکیب ارگانیک خود در اتر و کلروفرم محلول هستند. مشاهده‌ی آن‌ها در رسوب ادرار بیانگر وجود شرایط مطلوب برای حالت فوق اشباع و رسوب آن است. شواهد دیگر وجود لیپیدها در ادرار مانند قطرات آزاد چربی، سیلندرهای چربی، اجسام چربی بیضوی شکل و نیز مقادیر زیاد پروتئین در همراهی با حضور این کریستال‌ها دیده می‌شود. در جریان نگهداری یا سرد شدن نمونه ادرار کریستال‌های کلسترول که از اجسام چربی بیرون زده می‌شوند مشاهده می شود. این کریستال‌ها را می‌توان در سندرم نفروتیک، بیماری کلیه پلی کیستیک، نفروز لیپوئید، و در شرایطی که موجب شیلوری می‌شود -پاره شدن عروق لنفاتیک بداخل توبول‌های کلیوی مربوط به تومورها (نئوپلاسم‌ها) یا پارازیت‌ها (فیلاریازیس) - مشاهده نمود.

تزریق داخل عروقی مواد حاجب رادیولوژی مثل meglumine diatrizoate و diatrizoate sodium کریستال‌هایی مسطح به شکل متوازی الاضلاع و لایه لایه مشابه کریستال‌های کلسترول تولید می‌کنند که باید مورد تشخیص افتراقی قرار گیرند. افتراق بین این دو بوسیله ارتباط دادن بین یافته‌های میکروسکپی و آزمایشات شیمی ادرار میسر است. به‌عنوان مثال مواد حاجب به‌طور غیرطبیعی موجب افزایش بسیار زیاد وزن مخصوص ادرار (بیش از ۱/۰۴۰) می‌شوند و با لیپیدوری و پروتئینوری مرتبط نیستند. کریستال‌های کلسترول در ادرار با وزن مخصوص طبیعی دیده می‌شود و با لیپیدوری و پروتئینوری همراه است. مشخصه‌ی دیگر این است که در آزمایش با میکروسکوپ پولاریزه کریستال کلسترول بیرنگ یا منوکروماتیک و دارای انکسار مضاعف ضعیف است در حالیکه کریستال‌های مواد حاجب رادیولوژی دارای انکسار مضاعف قوی و پلی کروماتیک هستند.

کریستال کلسترول در شرائط in vitro و بعد از ماندن و سرد شدن ادرار تشکیل می‌گردد و به این دلیل برخی موسسات آن را گزارش نمی‌کنند و در عوض لیپیدوری یا شیلوری و نیز مقادیر اجسام چربی یا چربی‌های شناور یا سیلندرهای چربی را در نتایج آزمایش ادرار گزارش می‌کنند.